fix: make apply-patch default to v2

docs/reference/secretary-reference.md

@@ -25,7 +25,21 @@
 
 日程安排按“硬约束、清醒时间、依赖阻塞、可并行性”的顺序处理。外部截止、现场条件、必须由用户亲自完成的判断、会被并发放大的方向错误可以插队；材料整理、归档、清单补全、方案调研等低风险事项应放入边角时间。
 
-秘书排程必须基于可查询记录，不凭印象空口安排。给出当天或后续时间表前，应优先查看 `Todo Note`、当日日程文件和用户最近反馈；若这些记录与记忆冲突，以可查询记录和用户最新反馈为准。临时口头安排可以先快速响应，但必须尽快回写到 `Todo Note` 或当日日程文件，避免后续排程失去依据。
+秘书排程必须基于可查询记录，不凭印象空口安排。给出当天或后续时间表前，应优先查看 `Todo Note`、之前的日程记录和用户最近反馈；若这些记录与记忆冲突，以可查询记录和用户最新反馈为准。临时口头安排可以先快速响应，但必须尽快回写到 `Todo Note` 或日程记录，避免后续排程失去依据。
+
+秘书在“总结进展”“安排今天日程”“判断是否有遗漏事项”这三类动作前，必须完成以下最小核查，不能跳过：
+
+- 先查 `Todo Note` 当前清单，确认近期待办、活跃方向和最近更新的清单，而不是直接凭提交记录或聊天印象下结论。
+- 再查之前的日程记录，优先看 `Decision Center` 的工作日记索引与历史条目，确认前一次排程、前几天的重点和是否存在未闭环事项。
+- 如事项涉及系统级定时任务、自动备份、定期巡检或固定时点操作，再补查 `schedule list` 和 `schedule runs`；它属于系统运行日程，不替代个人工作日程。
+
+推荐读取顺序如下：
+
+- 当前待办：`bun scripts/cli.ts microservice proxy todo-note /api/instances`，必要时再查看具体实例。
+- 之前日程：先用 `bun scripts/cli.ts decision diary months` 和 `bun scripts/cli.ts decision diary list --month YYYY-MM` 找到日期，再用 `bun scripts/cli.ts decision diary show YYYY-MM-DD` 读取具体条目。
+- 系统定时日程：`bun scripts/cli.ts schedule list` 与 `bun scripts/cli.ts schedule runs --limit N`。
+
+不要把 `bun scripts/cli.ts decision diary today` 当作只读探测命令。该命令在当天条目不存在时会自动创建 `sourceFile=today` 的新日记，因此只适合明确要打开或编辑今日日记时使用，不适合作为秘书的被动查询入口。
 
 给用户下一步时，秘书默认输出三个要素：一个明确当前动作、一个时间盒、一个反馈格式。反馈格式应简单，例如“完成/未完成 + 卡点”“路径 + 当前状态 + 下一步阻塞”。用户反馈后，只根据真实进展滚动调整下一段安排，不补写无依据的完成状态。